Después de ser capturado por el intento de asesinar al líder de Kumogakure, el Raikage, y el asesinato de varios Jonin de Kirigakure e Iwagakure, Naruto es encarcelado en una instalación de contención penal también conocida como la prisión de la sangre. El capitán del castillo, Mui, usa el jutsu de prisión máxima para robar el poder de los prisioneros. La batalla para demostrar su inocencia y descubrir la verdad ha comenzado para Naruto y sus amigos.
La actriz e ídolo de Naruto, la controvertida Yukie Fujikaze, es en realidad la heredera al trono en el país de la Nieve, el cual se encuentra bajo el yugo de su severo tío y secuaces. Naruto, Sasuke y Sakura, acompañados por el maestro Kakashi y la compañía cinematográfica, llevarán de vuelta a su país a la princesa Yukie bajo el pretexto de rodar allí una escena... pero Yukie no estará muy dispuesta a regresar a su tierra natal...
Cronológicamente, la película se encuentra situada después de la huida de Sasuke con Orochimaru. La trama de la película ronda alrededor de una piedra llamada Gelel, que tiene un poder fuerte y misterioso. Había un clan que podía controlar los poderes de la piedra una vez con ese poder podían hacer madurar los árboles en un solo día y curar heridas al instante. Pero este poder llevó a la disputa y al final todo acabó en guerra.
La historia o trama de la película cuenta el viaje de un príncipe del País de la Luna, situado en la isla de la luna creciente, en un mar meridional, que tiene que volver de nuevo a su casa. Este será escoltado por Naruto, Kakashi, Sakura y Rock Lee. El Príncipe acaba de comprar un circo (entero) para llevárselo a la isla, y es por eso que el grupo de Kakashi tendrá que hacer todo lo posible para que el príncipe y su gran compra llegue sin problemas a la isla. Pero como no, un grupo de tres ninjas de lo más misteriosos los pondrán en apuros.
Demonios que una vez destruyeron el mundo han sido revividos por alguien, de la unica manera de controlar a los demonios es sellandolos y la persona que lo puede hacer es shrine maiden Shion del Pais de los demonios quien tiene dos poderes, uno para sellar los demonios y el otro es predecir la muerte de los Humanos. La mision de Naruto es cuidar de Shion pero ella predice la muerte de Naruto. La unica forma de evitar la muerte, Naruto debe alejarce de Shion pero esto la dejaria indefensa, y el demonio el cual quiere matar a Shion conseguiria su objetivo lo cual terminaria siendo la destrucción del mundo, Naruto decide enfrentar la profecia de muerte al mantenerse al lado de Shion cumpliendo su misión.
Cuando un misterioso grupo de Shinobi realiza un ataque sorpresa sobre Konoha, la villa queda en ruinas después del ataque. Hasta entonces surge la posibilidad de que otra guerra shinobi pudiera desatarse. Mientras tanto, Sasuke -que abandonó a Kanoha para vengar a su clan por la muerte de su hermano Itachi- reaparece con sus amigos por segunda vez.
Cronológicamnte se encuentra situada entre los episodios 72 y 73. La película trata del potencial inicio de una Cuarta Gran Guerra Mundial Shinobi cuando ninjas poseedores de Kekkei Genkai comienzan a desaparecer de Kumogakure, Iwagakure, Kirigakure, y Sunagakure. Como es la única aldea que no es afectada por estos sucesos, Konohagakure es señalada como la causante de este incidente, y comienzan a circular rumores de una posible rebelión. Con las otras naciones traspasando las fronteras del país del Fuego, amenazando con una invasión, el Señor Feudal le ordena a Tsunade capturar al verdadero responsable y probar la inocencia de Konoha; en el caso de fallar, el País del Fuego será forzado a destruir la villa para preservar la paz mundial.
¡¡Naruto atraviesa el espacio y el tiempo para encontrarse con el Cuarto Hokage, Namikaze Minato!!. ¡Un gran poder es desatado! ¡¡Naruto viaja al pasado!!.
La película se basa en una realidad alterna del universo de Naruto, en la que él nunca perdió a sus padres, y Tobi, (el villano enmascarado), lleva a cabo su plan "Ojo de Luna" para gobernar el mundo, sumiéndolo bajo una ilusión. En esta película los personajes como Sasuke Uchiha tiene una personalidad más agradable y gentil, además de que le gusta Sakura Haruno.
¡La luna se acerca peligrosamente a la tierra! A menos que se haga algo, la luna se desintegrará bañando a la tierra con meteoritos gigantes. El reloj marca el final del mundo, ¿Podrá Naruto salvar a la tierra de esta crisis? ¡El capítulo final de Naruto se revela! Esta cinta llena el vacío que dejó el final del manga y va más allá de la historia original. La Villa Oculta entre las Hojas, la ubicación dónde se dio la predestinada batalla entre Naruto y Sasuke… dos años después mientras se acerca el festival de invierno Naruto se encuentra en Ichiraku Ramen disfrutando con sus amigos, Hinata le tejió una bufanda que demuestra su amor en cada puntada pero que todavía no se la ha entregado. Súbitamente aparece un hombre misterioso. Naruto sale al rescate pero el hombre huye dejando un perturbador mensaje…
Han pasado algunos años desde el final de la Guerra Shinobi. Naruto Uzumaki es el séptimo Hokage de Konoha, en esta nueva era. Su hijo, Boruto Uzumaki, pronto entrará en los exámenes de Chunin, junto Sarada Uchiha y el misterioso Mitsuki.
Una mujer acepta un trabajo como ama de llaves en un rascacielos de Nueva York, sin conocer el historial de desapariciones del edificio. Pronto se da cuenta de que la comunidad está rodeada de misterio.
Con su matrimonio en la cuerda floja, el actor Kevin decide llevar a su mujer Suzie a una escapada romántica con un plan muy equivocado: fingir un robo y hacerse el héroe. Pero cuando las cosas se tuercen y alguien aparece muerto, Kevin se encuentra en el centro de una investigación por asesinato, en la que las mentiras se acumulan más rápido que las coartadas.